Zbudowana w latach 1689–1694 z inicjatywy Salamouna Chalisza Kohena. Stanęła ona na miejscu 3 budynków zwanych Klausami (synagoga, mykwa, szkółka talmudyczna). W latach 1883-1884 została przebudowana wg planów Bedřicha Münzbergera. Po zakończeniu wojny synagoga przechodziła znaczące remonty (1960, 1979-1981, 1982, 1995-1996). Od 1983 r. jest częścią Muzeum Żydowskiego - stała wystawa "Tradycje i obyczaje żydowskie".